Les enfants peuvent connaître les mêmes effets indésirables que les adultes : nausées, vomissements, diarrhée, réactions de la peau et autres. Avant l’âge de un an, les effets indésirables sont plus souvent digestifs (vomissements et diarrhée), cutanés (rougeurs, démangeaisons, boutons) ou nerveux (somnolence ou convulsions par exemple). Certains de ces effets sont propres aux enfants ; ainsi, les antibiotiques de la famille des cyclines jaunissent les futures dents définitives et ne sont, de ce fait, pas utilisés chez les jeunes enfants. On observe parfois certains effets indésirables au cours du traitement de maladies infantiles. L’administration d’ibuprofène lors d’une varicelle, par exemple, est contre-indiquée, car ce médicament semble favoriser les complications infectieuses des lésions. De la même manière, l’usage de l’aspirine pour faire tomber la fièvre est déconseillé, car cette substance peut provoquer des troubles de la conscience avec somnolence voire coma (syndrome de Reye), en particulier lors d’une maladie d’origine virale (grippe, rougeole, rubéole, etc.).